Научно-исследовательский комплекс училища состоит из четырех научно-исследовательских лабораторий, функционирующих в тесной взаимосвязи с кафедрами. Налаживается взаимодействие в научной сфере с профильными вузами и научно-исследовательскими организациями оборонно-промышленного комплекса страны.

Основу научно-исследовательской базы училища составляют:

• тепловизионный экспериментальный информационно-измерительный комплекс для измерения тепловых характеристик морских объектов в диапазоне 2-5 и 8-14 мкм. Комплекс адаптирован для решения задач контроля защиты морских объектов по тепловому полю;
• радиотепловой экспериментальный информационно-измерительный комплекс для измерения радиотепловых характеристик морских объектов в 8 мм диапазоне;
• морская навигационная радиолокационная станция Ка-диапазона «Балтика Б-У» с цифровой обработкой сигналов;
• экспериментальный образец беспилотного летательного аппарата самолетного типа на базе БЛА SUPERCAM S250;
• учебно-тренировочный комплекс, позволяющий проводить экспериментальные научные исследования проблем обеспечения пожаровзрывобезопасности корабля;
• специализированные лаборатории метрологии, электротехники, радиоэлектроники, автоматики.

Училище располагает двумя комплектами супер-ЭВМ (отечественного производства).