В 2002 году на базе факультета «Судовождения и энергетика судов» была открыта специальность Судовождение.

В 2004 году была сформирована кафедра «Судовождения и навигации». Первым заведующим кафедрой был избран Скворцов Сергей Николаевич. Кафедра занимала всего одну аудиторию. В 2004-05 учебном году преподавались всего 5 учебных дисциплин. В этом же учебном году в помещении факультета был установлен и проходил сдаточные испытания тренажёр «Ходовой мостик».

С 1 сентября 2005 года кафедра получила наименование «Судовождения». Состав кафедры значительно возрос. Кроме преподавателей были включены и инженерно-технические сотрудники. Введен в эксплуатацию мультимедийный тренажер «Ходовой мостик». В этот же период начался монтаж класса навигационной прокладки. В июне 2006 года был сделан первый выпуск бакалавров.

С сентября 2007 года кафедра реформируется и получает новое название «Судовождения и морской безопасности». В этот период кафедру возглавил Белокур Геннадий Викторович. Кафедра проходит аккредитацию специалиста по специальности «Судовождение», получает лицензию на очередные 5 лет, начинается набор студентов заочного обучения. В феврале 2008 года проходит первый выпуск специалистов по специальности «Судовождение». В эти годы активно трудились на кафедре известные в военно-морском и гражданском флотах специалисты своего дела Бирюков Николай Васильевич, Иванчук Николай Григорьевич, Колпаков Владимир Анисимович, Курочкин Леонид Егорович, Жиделёв Аркадий Иванович, Крят Василий Михайлович, Мещанинов Валерий Валерьевич, Сиротенко Михаил Александрович, Сазонов Серафим Григорьевич, Василенко Андрей Викторович, Нарыжный Георгий Иосифович, Хамин Николай Геннадьевич, Черний Андрей Анатольевич, Лысаченко Сергей Леонидович, Мишин Геннадий Анатольевич, Габидулин Марс Махмудович, Ларченко Анатолий Гаврилович.

С 1 сентября 2009 года кафедру возглавил к.т.н., доцент Паткаускас Александр Витаутасович. Кафедра впервые участвует в аккредитации вуза. Развивается материально-техническая база, создаётся специализированный компьютерный кабинет для проведения тренажёрной подготовки по дисциплинам ГМССБ, САРП и РЛС, тестовому контролю по всем специальным дисциплинам.

В 2015 учебном году кафедра прошла аккредитацию Министерством образования и науки Российской Федерации в составе ЧВВМУ имени П. С. Нахимова и успешно продолжает решать поставленные задачи.

В настоящее время на кафедре трудятся:

• заведующий кафедрой кандидат технических наук, доцент Паткаускас Александр Витаутасович;
• доцент кафедры кандидат исторических наук, доцент Володин Виталий Николаевич;
• доцент кафедры кандидат технических наук, доцент Сизов Леонид Васильевич;
• старший преподаватель кафедры Белокур Геннадий Викторович;
• старший преподаватель кафедры Носенко Виктор Иванович, контр-адмирал запаса, начальник Севастопольского Военно-морского ордена Красной звезды института им. П.С. Нахимова (2005–2007гг.);
• старший преподаватель Скворцов Сергей Николаевич;
• старший преподаватель Новицкий Сергей Анатольевич;
• старший преподаватель Шварц Тибор Яношевич;
• старший преподаватель Лобода Пётр Харитонович;
• старший преподаватель Сухина Михаил Иванович, капитан дальнего плавания;
• старший преподаватель Шпилько Леонид Исакович;
• старший преподаватель Наумов Михаил Викторович;
• преподаватель кафедры кандидат технических наук, доцент Алаев Виктор Васильевич;
• заведующий кабинетом навигационной прокладки Зотов Владимир Николаевич;
• заведующий кабинетом «Ходовой мостик» Антонов Сергей Николаевич;
• заведующая кабинетом ГМССБ Литовская Татьяна Андреевна;
• заведующая кабинетом Савченко Наталья Николаевна;
• инструктор кафедры Князева Оксана Валерьевна.