Структурно Черноморское высшее военно-морское ордена Красной Звезды училище им.П.С.Нахимова, состоит из:

• Общеучилищных кафедр
• Факультета (Ракетного вооружения надводных кораблей)
• Факультета (береговых ракетно-артиллерийских войск, специальной подготовки и специального вооружения)
• Отделения (среднего профессионального образования)
• Факультета переподготовки и повышения квалификации
• Факультета подготовки иностранных военнослужащих

Общеучилищные кафедры:

Кафедра тактики (и морской подготовки) осуществляет обучение курсантов теории и практики подготовки и ведения боевых действий кораблей, подразделений, родов ВМФ самостоятельно и совместно с другими видами вооруженных сил РФ, принципам, формам и способам ведения боевых действий и их развития. Осуществляет подготовку вахтенных офицеров корабля, обучает теоретическим и практическим основам управления плавсредствами под парусом и на веслах.

Кафедра (общевоенных дисциплин) — осуществляет подготовку курсантов по общевоинским специальностям в объеме необходимом для выполнения обязанностей по первичной должности в войсках.

Кафедра (физической подготовки) — организовывает и проводит занятия по физической подготовке курсантов всех специальностей, а также проводит тренировочный процесс по 12 военно-прикладным видам спорта с целью дальнейшего участия в чемпионатах ВМФ, чемпионате ВС РФ. Основное направление работы кафедры развитие военно-прикладных физических качеств у курсантов, необходимых в дальнейшем прохождении службы.

Кафедра гуманитарных и социально-экономических дисциплин проводит подготовку по дисциплинам: —История, Философия, Экономика, Социология, Педагогика и психология, Политология, Культурология, Правоведение.

Кафедра математики (и начертательной геометрии) проводит подготовку по дисциплинам: — Высшая математика, начертательная геометрия, кораблестроительное черчение.

Кафедра иностранных языков — проводит подготовку по дисциплине английский язык.

Кафедра физики (и общетехнических дисциплин) — проводит подготовку по дисциплинам: Физика, Химия, Теоретическая механика, Материаловедение, Сопротивление материалов, Теория механизмов и машин, Детали машин.

Кафедра информационных технологий — проводит подготовку по дисциплинам: Информатика, Информационно-управляющие технологии, Цифровые устройства и микропроцессоры.

Факультет (ракетного вооружения надводных кораблей)

Кафедра ракетного вооружения (надводных кораблей)
Выпускная кафедра. Осуществляет обучение курсантов навыкам эксплуатации и боевого применения систем корабельного ракетного вооружения. Для решения этих задач на кафедре имеются: тренажеры – «Зенит 33 МА», «Мираж-82», учебно-разрезные макеты изделий военной техники, лаборатории и учебные кабинеты.

Кафедра боевых средств флота
На кафедре БСФ изучаются тактико-технические характеристики современных и перспективных комплексов минного и противоминного оружия ВМФ и военно-морских сил иностранных государств, основы устройства и функционирования, организацию и способы боевого применения, тенденции развития минного и противоминного оружия ВМФ. Тактико-технические характеристики современных и перспективных комплексов торпедного и противолодочного оружия ВМФ и военно-морских сил иностранных государств, основы устройства и функционирования, организацию и способы боевого применения, тенденции развития комплексов торпедного и противолодочного оружия ВМФ, факторы опасности и меры безопасности при обращении с минно-торпедным вооружением, общие сведения о корабельном артиллерийском вооружении.:

Кафедра кораблевождения осуществляет обучение курсантов основам решения навигационных задач кораблевождения, маневрирования, мореходной астрономии, гидрометеорологическому обеспечению повседневной и боевой деятельности сил флота.

Для решения этих задач на кафедре имеются: 

• тренажёр навигационной прокладки КНП-74;
• кабинет электронных навигационных систем;
• планетарий «Цейс-Йена» 1953г.;
• лекционные аудитории.

Кафедра устройства и живучести корабля осуществляет обучение курсантов основам обеспечения живучести, взрывопожаробезопасности в повседневной и боевой деятельности сил флота (береговых объектов).

Для решения этих задач на кафедре имеются:

• полигон борьбы с водой;
• пожарный полигон;
• бассейн для легководолазной подготовки;
• лекционные аудитории, классы.

Факультет (береговых ракетно-артиллерийских войск, специальной подготовки и специального вооружения)

Кафедра ракетно-артиллерийского вооружения (БРАВ) является выпускной кафедрой, осуществляет обучение курсантов эксплуатации, подготовке к боевому применению и боевому применению артиллерийских береговых комплексов и береговых ракетных комплексов оперативного и оперативно-тактического назначения.

Для решения этих задач на кафедре имеются: тренажеры, учебно-разрезные макеты изделий военной техники, лаборатории и учебные кабинеты.

Кафедра (специального вооружения) — подготавливает специалистов для службы в специальных частях МО РФ.

Кафедра (водолазной и специальной подготовки) предназначена для подготовки специалистов по специальности 180112 Строительство, ремонт и поисково-спасательное обеспечение надводных кораблей и подводных лодок специализации Подводно-технические работы специального назначения (ПТР СН). Выпускники проходят службу в подразделениях и воинских частях на офицерских должностях:

• командир группы (специального назначения) – водолазный специалист;
• старший водолазный специалист отряда специального назначения;
• командир разведывательной группы команды специальных операций.

Так же кафедра готовит техников по техническому обслуживанию и использованию водолазных, глубоководных средств, средств обеспечения водолазных спусков.

В своем составе имеет учебно-тренировочный комплекс, предназначенный для выработки практических навыков у курсантов ЧВВМУ по:

• водолазной подготовке;
• тактике специальных подразделений флота;
• горизонтальному и вертикальному выходу из подводной лодки.

Кафедра (боевого применения радиотехнических средств и радиоэлектроники) — осуществляет обучение курсантов в области электро-радиотехнических, осуществляет изучение электронных и квантовых устройств, организацию применения радиотехнических систем при повседневной и боевой деятельности сил ВМФ.

Для решения этих задач на кафедре имеются:

• стендовый вариант РЛС МР 212/201 «Вайгач», МР 244 «Экран»;
• авиационные поисково-прицельные системы «Осьминог», «Коршун»;
• Радиосвязные, радионавигационные средства и средства РЭБ.

Отделение (среднего профессионального образования) — осуществляет подготовку курсантов по программам среднего профессионального образования по специальностям «Эксплуатация и ремонт водолазных и глубоководных средств», «Эксплуатация и ремонт систем управления и стартового оборудования ракетного вооружения надводных кораблей», Эксплуатация и ремонт береговых ракетных комплексов». Выпускникам факультета выдается диплом государственного образца по гражданской специальности с присвоением соответствующей квалификации «техник».

Факультет переподготовки и повышения квалификации — предназначен для подготовки, переподготовки, повышения квалификации военнослужащих в интересах Военно-Морского Флота Российской Федерации, других Федеральных органов исполнительной власти в части организации образовательной деятельности по реализации дополнительной профессиональной программы. Обновления знаний, развития умений и навыков, обеспечивающих совершенствование профессиональных компетенций в пределах полученной ранее квалификации по занимаемой должности. Руководство самостоятельной работой слушателей, проведение консультаций, контроль качества обучения слушателей по дисциплинам, анализ результатов итоговых аттестаций.

Факультет подготовки иностранных военнослужащих — осуществляет подготовку иностранных военнослужащих по программам по программам высшего профессионального образования по специальностям «Применение и эксплуатация ракетно-артиллерийского вооружения надводных кораблей», «Кораблевождение и эксплуатация морских средств навигации», «Эксплуатация корабельных дизельных и дизель-электрических энергетических установок» и программам среднего профессионального образования по специальностям «Эксплуатация и ремонт приборов управления стрельбой и артиллерийского вооружения надводных кораблей», «Эксплуатация и ремонт противолодочного торпедного и минного вооружения надводных кораблей» и «Эксплуатация и ремонт дизельных энергетических установок».

Кафедра русского языка — обучает иностранных военнослужащих знанию русского языка, культуре речи, возможности учиться на русском языке с учетом особенностей изучаемых специальностей. Осуществляет усиление роли кабинета русского языка в организации учебно-методической работы преподавателей училища.