В 2014 году после воссоздания Черноморского высшего военно-морского училища имени П.С. Нахимова в училище создана кафедра специального вооружения. Первый набор курсантов осуществлён летом 2014 года, к началу 2015 / 2016 учебного года из Санкт-Петербурга переведены курсанты 3 и 4 курсов, обучающиеся по специальности.

В соответствии с Директивой Начальника Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации от 09.11.2016 года № 314/10/5030 с 31.12.2016 года в Черноморском высшем военно-морском училище им. П. С. Нахимова создан факультет специального вооружения.

Факультет специального вооружения предназначен для подготовки квалифицированных военных кадров и ведёт образовательную деятельность по программам высшего образования в соответствии с утверждёнными Федеральными государственными образовательными стандартами.

Основными задачами факультета являются:

• организация и осуществление образовательной деятельности;
• организация и осуществление методической деятельности;
• организация и осуществление научной (научно-исследовательской) деятельности;
• организация и проведение воспитательной работы с курсантами;
• выполнение мероприятий по совершенствованию учебно-материальной базы факультета;
• организация безопасной эксплуатации специальных боеприпасов (специального вооружения);
• организация и выполнение мероприятий повседневной деятельности факультета.

Подготовка специалистов осуществляется по специальности: «Применение подразделений специального обеспечения и эксплуатация специальных боеприпасов сил флота».

Структура факультета включает в себя:

• командование факультета (начальник факультета и его заместитель);
• кафедра «Специального вооружения» и входящие в неё учебные кабинеты, учебная лаборатория, сборочная бригада (учебная), обеспечивающие подготовку курсантов по профилирующим дисциплинам специальности факультета, а также эксплуатацию вооружения и военной техники, закреплённой за кафедрой;
• кафедра «Боевого применения радиотехнических средств и радиоэлектроники»;
• подразделения курсантов.